–Управління державного контролю на кордоні
– Відділ державного контролю в пунктах пропуску на кордоні
–Відділ організаційного забезпечення
–Відділ господарського забезпечення
–Відділ економіки, бухгалтерського обліку та звітності
-Відділ правового забезпечення
–Сектор документального забезпечення та комунікацій
–Відділ прикордонного інспекційного контролю «Аккерман»
–Відділ прикордонного інспекційного контролю «Дунай»
–Відділ прикордонного інспекційного контролю «Південний»
–Відділ прикордонного інспекційного контролю «Центральний»
–Відділ прикордонного інспекційного контролю «Чорноморськ»
–Відділ прикордонного інспекційного контролю «Подільськ»
– Відділ прикордонного інспекційного контролю «Миколаїв»
– Відділ прикордонного інспекційного контролю «Херсон»
– Відділ прикордонного інспекційного контролю «Черкаси»
– Відділ прикордонного інспекційного контролю «Кропивницький»
